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[Emploi] Thèse sur la Cartographie haute résolution des réseaux de neurones par microscopie optique

Mis en ligne le 14.06.2019

PROJET DE THESE : Cartographie haute résolution des réseaux de neurones par microscopie optique en recherche préclinique

RESUME : L’objectif de ce travail de thèse sera de développer des outils logiciels originaux pour étudier des populations de neurones à l’échelle de cerveaux entiers en recherche préclinique. Les images seront acquises par microscopie optique à très fort grossissement pour permettre une individualisation à l’échelle des neurones. Le dénombrement ainsi qu’une modélisation de la cytoarchitecture de ces cellules fourniront des informations nouvelles d’un grand intérêt dans des cas sains (anatomie, développement) mais aussi pathologiques (maladies neurodégénératives, mort neuronale). Des techniques avancées de traitement de l’image seront utilisées pour mener ces analyses (apprentissage machine, calcul intensif). Enfin, une validation des résultats obtenus sur des données multi-espèces produites au CEA-MIRCen sera réalisée en comparant les résultats obtenus avec la technique de référence de stéréologie (comptage cellulaire) ainsi qu’avec des segmentations anatomiques de référence (expert neuroanatomiste, atlas numériques).

MOTS-CLES : traitement de l'image, modélisation 3D, segmentation, machine learning

DIRECTEUR DE THESE : Thierry DELZESCAUX (thierry.delzescaux _at_ cea.fr)
ÉQUIPE D’ACCUEIL : CEA-MIRCen, LMN (Laboratoire des Maladies Neurodégénératives), Fontenay aux Roses - http://i2bm.cea.fr/drf/i2bm/Pages/mircen.aspx
FINANCEMENT : Programme Paris Region PhD (PhD2), Île-de-France
PARTENAIRE SOCIO-ECONOMIQUE : société NEOXIA (co-encadrant Cédric CLOUCHOUX)
DUREE DE LA THESE : 36 mois (date de début 10/2019)
UNIVERSITE / ECOLE DOCTORALE : Université Paris Saclay, ED EOBE (ED 575)

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